Деревянный храм был построен в 1788 году, но через некоторое время он сгорел. Заново отстроили церковь на пожертвования горожан к 1889 году, на этот раз в камне. В годы советской власти Лазаревская церковь несколько десятилетий оставалась единственным действующим храмом города. Уже в начале XXI века, когда Свято-Троицкий собор был возвращён церкви и открылся для прихожан, Лазаревская церковь была закрыта.
Началось восстановление храма; в 2018 году после завершения работ он был заново освящён.
Красивый храм. Рядом было старое кладбище, которое почти полностью уничтожено, а там покоятся знаменитые онежане. Неподобает так относится к своим предкам!
Это здание находилось в плачевном состоянии. Когда-то Онежские строители завалили одну из стен привезённым откуда-то грунтом. Церковь долгое время не эксплуатировалась, стена изнутри покрылась плесенью... . В настоящее время силами прихожан и под руководством отца Алексия наводится порядок внутри и снаружи храма.