Вологодский речной порт находится на реке Вологда, которая впадает более крупную и судоходную реку Сухона. В былые времена река Сухона была важнейшей артерией, связывающий северо-запад Вологодской области, близости к Москве, с обширными территориями на северо-востоке области до её впадения в Северную Двину города Великий Устюг. В наше время автомобильный транспорт и постройка новых дорог обесценили значение речных перевозок, особенно пассажирских-их просто нет.