В июне климат в Горно-Алтайске можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в июне 22 градуса тепла. В среднем в июне в Горно-Алтайске 15 дождливых, 8 ясных и 7 дней с переменной облачностью. Дожди преимущественно сильные.