В сентябре климат в Балыксе можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 12 градусов тепла. В среднем в сентябре в Балыксе 14 дождливых, 6 ясных, 5 пасмурных и 5 дней с переменной облачностью. Дожди преимущественно сильные. В сентябре, а также в январе, феврале, апреле и мае Балыкса cчитается местом, некомфортным для посещения.