В сентябре климат в Благоевом можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 9 градусов тепла. В среднем в сентябре в Благоевом 20 дождливых, 9 пасмурных и 1 ясный день. Дожди преимущественно умеренные. В сентябре, а также в январе, феврале, апреле и мае Благоево cчитается местом, некомфортным для посещения.