В сентябре климат в Ферапонтове можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 14 градусов тепла. В среднем в сентябре в Ферапонтове 13 дождливых, 10 с переменной облачностью, 5 пасмурных и 2 ясных дня. Дожди преимущественно умеренные. В сентябре, а также в январе, апреле, октябре и ноябре Ферапонтово cчитается местом, некомфортным для посещения.