Средняя температура днём в сентябре 9 градусов тепла. В среднем в сентябре в Кандалакше 14 пасмурных, 13 дождливых и 3 ясных дня. Дожди преимущественно умеренные. В сентябре, а также в январе, апреле, мае и июне Кандалакша cчитается местом, некомфортным для посещения.