В сентябре климат в Каргыпынары можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 25 градусов тепла. В среднем в сентябре в Каргыпынары 18 ясных и 12 дождливых дней. Дожди преимущественно умеренные.