В сентябре климат в Лагониси можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 25 градусов тепла. В среднем в сентябре в Лагониси 29 ясных и дождливый день. Дожди преимущественно слабые. В сентябре, а также в мае, июне и октябре Лагониси cчитается местом, комфортным для посещения.