В июне климат в Мануэле-Антонио можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в июне 24 градуса тепла. В среднем в июне в Мануэле-Антонио 30 дождливых дней. Дожди преимущественно сильные. В июне, а также в апреле, мае, июле и августе Мануэль-Антонио cчитается местом, некомфортным для посещения.