В мае климат в Нагасаки можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в мае 21 градус тепла. В среднем в мае в Нагасаки 11 дней с переменной облачностью, 7 ясных, 7 пасмурных и 6 дождливых дней. Дожди преимущественно сильные. В мае, а также в октябре Нагасаки cчитается местом, комфортным для посещения.