В сентябре климат в Нешкан можно охарактеризовать как холодный. Средняя температура днём в сентябре 5 градусов тепла. В среднем в сентябре в Нешкан 14 дождливых, 11 пасмурных, 3 ясных и 2 дня с переменной облачностью. Дожди преимущественно слабые. В сентябре, а также в январе, феврале, марте и апреле Нешкан cчитается местом, некомфортным для посещения.