В сентябре климат в Нижнеянске можно охарактеризовать как холодный. Средняя температура днём в сентябре 4 градуса тепла. В среднем в сентябре в Нижнеянске 14 пасмурных, 6 дождливых, 5 ясных, 4 с переменной облачностью и 1 день со снегом. Дожди преимущественно слабые.