В сентябре климат в Омолоне можно охарактеризовать как холодный. Средняя температура днём в сентябре 5 градусов тепла. В среднем в сентябре в Омолоне 13 пасмурных, 7 дождливых, 4 ясных, 4 с переменной облачностью и 2 дня со снегом. Дожди преимущественно слабые.