В сентябре климат в Пуэрто-Вальярта можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 25 градусов тепла. В среднем в сентябре в Пуэрто-Вальярта 29 дождливых и 1 ясный день. Дожди преимущественно сильные. В сентябре, а также в июне, июле и августе Пуэрто-Вальярта cчитается местом, некомфортным для посещения.