В сентябре климат в Сан-Хуан-Баутисте можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 24 градуса тепла. В среднем в сентябре в Сан-Хуан-Баутисте 26 ясных, 2 дождливых и 2 дня с переменной облачностью. Дожди преимущественно слабые. В сентябре, а также в июне, июле и августе Сан-Хуан-Баутиста cчитается местом, комфортным для посещения.