В июне климат в Верх-Апшуяхте можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в июне 18 градусов тепла. В среднем в июне в Верх-Апшуяхте 19 дождливых, 6 ясных и 5 дней с переменной облачностью. Дожди преимущественно сильные. В июне, а также в январе, апреле, мае и июле Верх-Апшуяхта cчитается местом, некомфортным для посещения.