В мае климат в Йонагуни можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в мае 26 градусов тепла. В среднем в мае в Йонагуни 23 дождливых, 4 ясных, 3 пасмурных и 1 день с переменной облачностью. Дожди преимущественно сильные. В мае, а также в январе, феврале, марте и июне Йонагуни cчитается местом, некомфортным для посещения.