В ноябре климат в Йонагуни можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в ноябре 24 градуса тепла. В среднем в ноябре в Йонагуни 24 дождливых, 5 ясных и 1 день с переменной облачностью. Дожди преимущественно сильные. В ноябре, а также в январе, феврале, марте и мае Йонагуни cчитается местом, некомфортным для посещения.