В сентябре климат в Агдаме можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 21 градус тепла. В среднем в сентябре в Агдаме 19 ясных, 8 дождливых и 3 дня с переменной облачностью. Дожди преимущественно сильные.