В сентябре климат в Балыктахе можно охарактеризовать как холодный. Средняя температура днём в сентябре 8 градусов тепла. В среднем в сентябре в Балыктахе 11 пасмурных, 8 дождливых, 6 ясных и 5 дней с переменной облачностью. Дожди преимущественно умеренные.