Сентябрь в Чолутеке — самый дождливый и пасмурный месяц в году. В сентябре климат в Чолутеке можно охарактеризовать как жаркий. Средняя температура днём в сентябре 31 градус тепла. В среднем в сентябре в Чолутеке 27 дождливых и 3 дня с переменной облачностью. Дожди преимущественно сильные. В сентябре, а также в мае, июне, июле и августе Чолутека cчитается местом, некомфортным для посещения.