В июне климат в Эль-Аюне можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в июне 25 градусов тепла. В среднем в июне в Эль-Аюне 27 ясных и 3 дня с переменной облачностью. В июне, а также в январе, феврале, марте и апреле Эль-Аюн cчитается местом, комфортным для посещения.