В сентябре климат в Эльтаркаче можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 19 градусов тепла. В среднем в сентябре в Эльтаркаче 21 ясный, 5 дождливых и 4 дня с переменной облачностью. Дожди преимущественно слабые. В сентябре, а также в августе Эльтаркач cчитается местом, комфортным для посещения.