В июне климат в Энгозере можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в июне 14 градусов тепла. В среднем в июне в Энгозере 11 дождливых, 9 пасмурных, 5 ясных и 5 дней с переменной облачностью. Дожди преимущественно слабые.