В мае климат в Энгозере можно охарактеризовать как холодный. Средняя температура днём в мае 9 градусов тепла. В среднем в мае в Энгозере 12 дождливых, 8 пасмурных, 6 с переменной облачностью и 5 ясных дней. Дожди преимущественно умеренные. В мае, а также в январе, апреле, августе и сентябре Энгозеро cчитается местом, некомфортным для посещения.