В сентябре климат в Фудзи можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 22 градуса тепла. В среднем в сентябре в Фудзи 20 дождливых, 7 ясных и 3 дня с переменной облачностью. Дожди преимущественно сильные. В сентябре, а также в феврале, марте, апреле и мае Фудзи cчитается местом, некомфортным для посещения.