В сентябре климат в Горно-Чуйском можно охарактеризовать как холодный. Средняя температура днём в сентябре 6 градусов тепла. В среднем в сентябре в Горно-Чуйском 25 дождливых, 3 ясных и 2 пасмурных дня. Дожди преимущественно сильные. В сентябре, а также в январе, феврале, марте и мае Горно-Чуйский cчитается местом, некомфортным для посещения.