В сентябре климат в Кедайняе можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 16 градусов тепла. В среднем в сентябре в Кедайняе 11 дней с переменной облачностью, 7 ясных, 6 дождливых и 6 пасмурных дней. Дожди преимущественно умеренные.