В июне климат в Кондопоге можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в июне 17 градусов тепла. В среднем в июне в Кондопоге 12 дождливых, 8 с переменной облачностью, 5 ясных и 5 пасмурных дней. Дожди преимущественно умеренные.