В сентябре климат в Кондопоге можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 12 градусов тепла. В среднем в сентябре в Кондопоге 13 пасмурных, 9 дождливых, 4 ясных и 4 дня с переменной облачностью. Дожди преимущественно умеренные.