В июне климат в Кота-Бару можно охарактеризовать как жаркий. Средняя температура днём в июне 30 градусов тепла. В среднем в июне в Кота-Бару 27 дождливых и 3 ясных дня. Дожди преимущественно сильные. В июне, а также в январе, феврале, марте и апреле Кота-Бару cчитается местом, некомфортным для посещения.