В сентябре климат в Ковдозеро можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 10 градусов тепла. В среднем в сентябре в Ковдозеро 14 пасмурных, 11 дождливых, 3 ясных и 2 дня с переменной облачностью. Дожди преимущественно умеренные. В сентябре, а также в январе, апреле, мае и июне Ковдозеро cчитается местом, некомфортным для посещения.