В сентябре климат в Городском поселении Кратово можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 15 градусов тепла. В среднем в сентябре в Городском поселении Кратово 13 пасмурных, 10 дождливых, 5 ясных и 2 дня с переменной облачностью. Дожди преимущественно слабые.