В сентябре климат в Лидоге можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 16 градусов тепла. В среднем в сентябре в Лидоге 18 дождливых, 7 ясных, 4 с переменной облачностью и 1 пасмурный день. Дожди преимущественно сильные. В сентябре, а также в январе, феврале, апреле и мае Лидога cчитается местом, некомфортным для посещения.