В сентябре климат в Мегрозере можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 13 градусов тепла. В среднем в сентябре в Мегрозере 18 дождливых, 6 пасмурных, 4 ясных и 2 дня с переменной облачностью. Дожди преимущественно умеренные. В сентябре, а также в апреле, октябре и ноябре Мегрозеро cчитается местом, некомфортным для посещения.