В сентябре климат в Маннаре можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 20 градусов тепла. В среднем в сентябре в Маннаре 30 дождливых дней. Дожди преимущественно сильные. В сентябре, а также в апреле, мае, июне и июле Маннар cчитается местом, некомфортным для посещения.