В сентябре климат в Новоалтайске можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 14 градусов тепла. В среднем в сентябре в Новоалтайске 10 ясных, 10 с переменной облачностью, 6 дождливых и 4 пасмурных дня. Дожди преимущественно слабые.