Сентябрь в Новозаполярном — самый дождливый месяц в году. В сентябре климат в Новозаполярном можно охарактеризовать как холодный. Средняя температура днём в сентябре 7 градусов тепла. В среднем в сентябре в Новозаполярном 21 дождливый, 7 пасмурных и 2 ясных дня. Дожди преимущественно умеренные. В сентябре, а также в январе, феврале, марте и мае Новозаполярный cчитается местом, некомфортным для посещения.