В сентябре климат в Онеге можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 11 градусов тепла. В среднем в сентябре в Онеге 15 дождливых, 11 пасмурных, 2 ясных и 2 дня с переменной облачностью. Дожди преимущественно умеренные. В сентябре, а также в апреле и октябре Онега cчитается местом, некомфортным для посещения.