В сентябре климат в Орто-Балагане можно охарактеризовать как холодный. Средняя температура днём в сентябре 4 градуса тепла. В среднем в сентябре в Орто-Балагане 14 дней с переменной облачностью, 6 ясных, 4 дождливых, 3 со снегом и 3 пасмурных дня. Дожди преимущественно слабые.