В сентябре климат в Пугачеве можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 14 градусов тепла. В среднем в сентябре в Пугачеве 14 дождливых, 13 пасмурных и 3 ясных дня. Дожди преимущественно умеренные. В сентябре, а также в январе, феврале, апреле и октябре Пугачево cчитается местом, некомфортным для посещения.