В сентябре климат в Сане Агустине можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 24 градуса тепла. В среднем в сентябре в Сане Агустине 23 ясных, 5 с переменной облачностью и 2 дождливых дня. Дожди преимущественно слабые. В сентябре, а также в мае, июне, июле и августе Сан Агустин cчитается местом, комфортным для посещения.