В мае климат в Сан-Хуан-дель-Сур можно охарактеризовать как жаркий. Средняя температура днём в мае 30 градусов тепла. В среднем в мае в Сан-Хуан-дель-Сур 18 дождливых, 7 пасмурных, 4 ясных и 2 дня с переменной облачностью. Дожди преимущественно сильные. В мае, а также в июне, июле, августе и сентябре Сан-Хуан-дель-Сур cчитается местом, некомфортным для посещения.