В сентябре климат в Сан-Хуан-дель-Сур можно охарактеризовать как жаркий. Средняя температура днём в сентябре 29 градусов тепла. В среднем в сентябре в Сан-Хуан-дель-Сур 25 дождливых, 3 пасмурных и 2 ясных дня. Дожди преимущественно сильные. В сентябре, а также в мае, июне, июле и августе Сан-Хуан-дель-Сур cчитается местом, некомфортным для посещения.