Июнь в Сан Томе — самый дождливый месяц в году. В июне климат в Сан Томе можно охарактеризовать как жаркий. Средняя температура днём в июне 29 градусов тепла. В среднем в июне в Сан Томе 27 дождливых и 3 ясных дня. Дожди преимущественно сильные. В июне, а также в мае, июле, августе и сентябре Сан Томе cчитается местом, некомфортным для посещения.