В сентябре климат в Сандакане можно охарактеризовать как жаркий. Средняя температура днём в сентябре 30 градусов тепла. В среднем в сентябре в Сандакане 28 дождливых и 2 ясных дня. Дожди преимущественно сильные. В сентябре, а также в январе, феврале, марте и апреле Сандакан cчитается местом, некомфортным для посещения.