В сентябре климат в Шексне можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 12 градусов тепла. В среднем в сентябре в Шексне 16 пасмурных, 13 дождливых и 1 ясный день. Дожди преимущественно умеренные. В сентябре, а также в январе, апреле, октябре и ноябре Шексна cчитается местом, некомфортным для посещения.