В сентябре климат в Шелковникове можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 23 градуса тепла. В среднем в сентябре в Шелковникове 20 ясных, 7 дождливых и 3 дня с переменной облачностью. Дожди преимущественно сильные. В сентябре, а также в августе Шелковников cчитается местом, комфортным для посещения.