Июнь в Среднеколымске — самый ветреный месяц в году. В июне климат в Среднеколымске можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в июне 15 градусов тепла. В среднем в июне в Среднеколымске 15 дней с переменной облачностью, 8 ясных, 4 пасмурных и 3 дождливых дня. Дожди преимущественно слабые.